يقدم الاعتراض الى إدارة لجان فض المنازعات الضريبية لدى وزارة العدل من خلال نظام الاعتراضات الإلكترونى و يتم تقديم الطلبات وفق النماذج المحددة لهذه الغاية ويجب أن تشمل على المستندات و البيانات الآتية:

1. اسم مقدم الطلب وبياناته وعنوانه
2. ملخص لموضوع الطلب والطلبات المقدمة فيه
3. المستندات والوثائق المؤيدة للطلب
4. عناوين التبليغ الالكترونى للممثل القانوني أو الوكيل الضريبي للمعترض بالإضافة الى عنوان آخر يحدده المعترض
5. أي مستندات أخرى تتعلق بأسباب الاعتراض

بعد دراسة الاعتراض من قبل اللجنة المختصة وإعطاء الفرصة الكافية لكلا الطرفين للتعقيب على ما يقدمه الطرف الاخر فإن اللجنة تصدر قرارها خلال 20 يوم عمل من تاريخ تقديم الاعتراض، ويجوز للجنة التمديد لمدة مماثلة إذا ارتأت أن هناك أسباب معقولة للتمديد.

اشترط قانون الإجراءات الضريبية أن يتم سداد كامل الضريبة والغرامات الإدارية قبل اللجوء الى لجنة إعادة النظر كما يشترط تقديم طلب إعادة نظر أمام الهيئة لقبول طلب الاعتراض امام لجنة فض المنازعات الضريبية.

للشخص والهيئة الطعن على قرار لجنة فض المنازعات الضريبية أمام المحاكم وفق الإجراءات المعمول بها لدى المحاكم.